Gli affreschi che ornano l'interno della cripta di San Giovanni sono invece rovinati e a volte di difficile lettura. Eppure il programma teologico che li ha ispirati è abbastanza chiaro; ed è un programma impegnativo e ampio, come vedremo. San Giovanni fu con ogni probabilità un importante centro di culto, tra i maggiori della zona. E il suo ciclo pittorico lascia intravedere una mano di prim'ordine, così come rivela il versante colto della religiosità bizantina, impostando il racconto figurativo come un intreccio di rimandi simbolici.
Ma ciò che più colpisce il visitatore, qui, è la mediorientale petrosità dell'assieme, come si presenta all'arrivo. San Giovanni è a un passo da San Lorenzo: sempre sulla provinciale Fasano-Savelletri, e sempre al secondo chilometro, prima dell'uscita per la stazione ferroviaria, s'incontra la sua lama, detta del Tammurone. San Giovanni è nome recente: risale alla fine degli anni '70 e fu dato per via dell'affresco più importante della cripta, che raffigura il Battista. E forse la cappella si chiamava proprio così, perché tutto lascia presumere che la sua funzione prevalente fosse appunto l'ufficio liturgico dei battesimi.
L'esterno della cripta è un archetipo mediterraneo: roccia tagliata in scale, lisciata a muro, scavata in pozzo, forata in minime aperture. L'assimilazione reciproca di natura e intervento umano è tale che, ad esempio, non è facile attribuire certi elementi all'una o all'altro: come la grande pietra che aggetta sopra l'ingresso, ciclopica architrave naturale. La memoria visiva porta echi siriani, micenei, di Cappadocia, di Palestina, di Atlante marocchino. Nelle vicinanze è un pullulare di case-grotta con gli arredi cavati dalla pietra - nicchie, giacigli, mensole -, scavate intorno al Mille dagli abitanti di Egnazia che abbandonavano la costa battuta dai Saraceni e ridotta a palude.
Davanti alla cappella, una vasca con gradini, forse la vasca battesimale, e un pozzo recente. Dentro, la tripartizione bizantina in naos, nartèce e bema; e l'iconòstasi tra naos e bema, recentemente restaurata. Gli affreschi, pur degradati, hanno frammenti vividi: i medaglioni sull'iconostasi (l'aquila e l'angelo), il volto della Madonna nell'Annunciazione, l'austero San Giovanni Battista in una nicchia sopra la mensola della pròthesis, un ascetico e corrucciato Sant'Andrea.
Ma qui sono interessanti, come dicevamo, le ordinate corrispondenze simboliche e narrative: tutto parte dai due tondi sull'iconostasi che, secondo la tradizione di Bisanzio, rappresentano gli evangelisti Matteo (l'angelo giovane) e Giovanni (l'aquila). Al primo corrisponde, in linea retta nell'area sacra (il bema), il racconto dell'annunciazione; all'altro, sempre in linea retta, Giovanni Battista. Da un lato, per così dire, l'asse storico; dall'altro, l'asse sapienziale. E se pure, al centro, la Dèesis conserva leggibile il solo volto del Cristo, si comprende come tutto, qui, è saldamente legato nell'esposizione teologica: storia, incarnazione, conoscenza divina; tutto mediato dal Cristo e mosso all'origine dalle due declinazioni estreme dei Vangeli: l' umano Matteo e il filosofico Giovanni. In questa rude cripta tagliata nel più scabro calcare, negli affreschi in brandelli, c'è l'oro fino, intrecciato in fili sottili, dello spirito di Bisanzio.